イザール星人の地球侵略が開始された。
花月博士率いる地球システム研究所は、秘密裏に移動要塞研究所ゴッドフリーダムとマグネロボ・ガ・キーンを開発、イザールの侵略に備える。
しかしガ・キーンを起動させるためにはマグネマンが二人必要だった。
花月博士は自分の娘である舞をマグネマン・マイナスに選んだが、もう一人のマグネマンであるプラスの資格を持つ人物は未だに見つからなかった。
花月は友人である北条徹の息子であり、人並み外れた耐電能力を持つ猛に目をつけ、彼をマグネマンとしてスカウトしようとするが……。